Após o suicídio de seu melhor e único amigo, Koito Nagase, Ai Ooto é deixada lutando com sua nova realidade. Sem mais nada para viver, ela segue as instruções de uma entidade misteriosa e é amarrada a comprar um ovo, ou especificamente, um Wonder Egg.

Ao quebrar o ovo em um mundo que se materializa durante seu sono, Ai é encarregada de salvar as pessoas das adversidades que vêm em seu caminho. Ao fazê-lo, ela acredita que se aproximou de salvar sua melhor amiga. Com essa perigosa e tentadora oportunidade nas palmas de suas mãos, Ai entra em um lugar onde ela deve reconhecer a relação entre os demônios de outras pessoas e seus próprios.

Como traumas passados, arrependimentos inesquecíveis e medos inatos eclodem no bizarro mundo da Wonder Egg Priority, uma jovem descobre as diferentes lutas interiores que atormentam a humanidade e os resgata de seus piores medos.