Há 50 anos, criaturas horríveis apelidadas de "inimigos da humanidade" apareceram repentinamente ao redor do mundo. Para combater essas ameaças, adolescentes dotados de habilidades sobrenaturais chamadas "Talentos", como pirocinese e viagem no tempo, aprimoram seus poderes em uma academia em uma ilha isolada.

Nanao Nakajima, no entanto, é bem diferente dos outros na ilha: ele não tem talento. Com muitos adolescentes "talentosos" ao seu redor, Nanao é frequentemente um alvo para o bullying, mas mesmo assim, ele ainda se esforça para completar seu treinamento.

Logo depois, dois estudantes transferidos, a misteriosa Kyouya Onodera e a mente-leitura Nana Hiiragi, se juntam à classe. Mas assim como todos começam a se misturar como camaradas de armas, desaparecimentos misteriosos começam a ameaçar toda a fundação da classe.